Para muchas proteínas contenidas en la célula, la adición de una molécula pequeña llamada fosfato actúa como un interruptor que activa a la proteína. Este proceso se conoce como fosforilación. Para preservar el estado de fosforilación de una célula y capturar un patrón de proteínas preciso interactuando en una célula cancerosa, los investigadores proteómicos deben manejar los especímenes de la biopsia o de la sangre cuidadosamente. Ellos logran esto haciendo que las muestras sean rápidamente tratadas con enzimas para bloquear la remoción de los fosfatos de las proteínas. Esto le permite a los investigadores identificar un patrón de proteínas casi idéntico al que estaba contenido en la célula al momento de la recolección.