Las moléculas del ADN masivas conocidas como cromosomas también tienen muchas regiones no codificadas localizadas fuera de los genes. Estas regiones contienen segmentos grandes de secuencias repetitivas. Algunas de las secuencias en estas localizaciones están involucradas en la regulación de la expresión genética y otras simplemente actúan como espaciadores. Y todavía hay otras regiones que tienen funciones que aún no se han descubierto.