Cuando el sistema inmunológico carece de uno o más de sus componentes, el resultado es una enfermedad por inmunodeficiencia.

Estas enfermedades pueden ser heredadas, adquiridas a través de una infección o producidas como un efecto secundario inadvertido de los fármacos, por ejemplo, aquéllos utilizados para tratar a los pacientes con cáncer o a los pacientes que reciben trasplantes.

El SIDA (AIDS, en inglés) es una enfermedad por inmunodeficiencia causada por un virus que destruye a las células T auxiliares. El virus se copia a sí mismo incesantemente e invade a células T auxiliares y a macrófagos, las mismas células que se necesitan para organizar una defensa inmune. El virus del SIDA empalma su ADN en el ADN de la célula que infecta; la célula de allí en adelante es dirigida a producir profusamente nuevos virus.