Aunque las proteínas del CMH se requieren para las respuestas de la célula T en contra de los invasores extraños, ellas pueden representar una dificultad durante el trasplante. Cada célula en el cuerpo está cubierta con marcadores CMH de "lo propio" y cada persona porta un juego levemente único en su género. Si un linfocito T reconoce a un andamio CMH "extraño", reunirá a células inmunes para destruir a la célula que lo porta. Para que los trasplantes de órganos o de célula troncal sanguínea sean exitosos, los médicos deben combinar a los receptores de órganos con donadores cuyos juegos de CMH sean apareados tan cercanamente como sea posible. De otro modo, las células T del receptor probablemente atacarán al trasplante, conduciendo a un rechazo del injerto.

Para encontrar buenos apareamientos, se realiza por lo general la tipificación del tejido en los glóbulos blancos o leucocitos. En este caso los marcadores de CMH de "lo propio" se conocen como antígenos leucocitarios humanos o HLA (por sus iniciales en inglés). Cada célula tiene un juego doble de seis marcadores HLA principales, HLA-A, B y C, y tres tipos de HLA-D. Debido a que cada uno de estos antígenos existe, en personas diferentes, hasta en 20 variedades, el número posible de tipos HLA es de alrededor de 10,000. Los genes que codifican los antígenos HLA están localizados en el cromosoma 6.