Los genes para los antígenos de "lo propio" se transmiten de una generación a la siguiente en una agrupación conocida como haplotipo. Un haplotipo es una combinación de genes--alelos HLA, por ejemplo--que se localizan agrupados muy cercanamente en el mismo cromosoma y tienden a ser heredados juntos como una transacción completa. Los alelos son genes que vienen en muchas variedades, todos los cuales funcionan razonablemente bien para elaborar la proteína relacionada.