Algunos antígenos de "lo propio" del donador son más antigénicos que otros, lo cual significa que ellos son mejores para desencadenar una reacción inmune no deseada en el paciente que recibe el trasplante. Estudiando casos exitosos de trasplantes de células madre (troncales) de la sangre, los médicos han identificado los tres antígenos más importantes que se deben aparear cuando se elige a donadores "extraños" para un trasplante. El aparear estos antígenos ayuda a minimizar las probabilidades de que se presenten ataques de injerto vs. huésped o de huésped vs. injerto. Los antígenos son HLA-A, HLA-B y HLA-DR.