Una vez colectadas, las células madre (troncales) por lo general se infunden inmediatamente al (a la) paciente, en donde ellas migran a la médula ósea y se "establecen" o se injertan. Una vez ahí, las células madre pueden repoblar el torrente sanguíneo con glóbulos rojos normales y células inmunes que "rescatan" al (a la) paciente. Para algunos tipos de cáncer, esta proeza es curativa.

Alternativamente, se recolectan las células madre de una fuente donadora y son "criopreservadas", lo cual significa que se congelan en nitrógeno líquido. En un momento posterior, ellas se pueden descongelar e infundir en un(a) paciente.